Итак, турнир «Смертельная битва» закончился победой сил земли в лице Кун Лао, Лю Кэнга, Сони Блейд, Джакса, Китаны и пронырливого подонка с металлическим глазом по имени Кано. Врата между мирами закрыты, и вторжение войск Шао Кана на Землю отменяется еще на сто лет. Казалось бы, все могут жить спокойно и счастливо. Герои вернулись домой, и каждый занимается свое обычной деятельностью, даже не подозревая, что поражение в турнире темный император Внешнего мира просто так не оставит. В его голове созрел план, который позволит вновь открыть портал между мирами и начать вторжение. Для исполнения этого зловещего замысла он организует армию мертвецов, во главе которой должен встать ниндзя-призрак Скорпион.