Ороку Караи получает от Шреддера — своего отчуждённого деда — миссию защищать Нью-Йорк. Однако её первым серьёзным испытанием на посту главы клана «Фут» становится появление четырёх загадочных мутантов-черепах, сеющих хаос в городе. Игра в Армагеддон началась, и правила изменились. Сможет ли Караи принять вызов и повести свой клан против новой угрозы, даже когда её союзники-мутанты начинают сомневаться, на чьей стороне быть?