В городе совершается серия ограблений научных лабораторий, и судя по уликам, это дело рук японских ниндзя! Опытный репортёр Эйприл О"Нил, расследующая эти кражи, подвергается нападению, но её спасают Черепашки-Ниндзя! Удастся ли мутантам, живущим в канализации Нью-Йорка, убедить девушку в своей непричастности к таинственным ограблениям?